refactor(kernel): dead-code-removal — 薄内核接线 + FlowRun 删除 - #132

dead-code-removal

• 删除 FlowRun 死代码：src/flowrun/ 17 文件、src/plugin/broker.ts、src/plugin/tdd-tool.ts（旧 TDD 占位）
• mergeTaskPR/checkBranchProtection 迁移至 src/kernel/review.ts
• server.ts 接线 5 个生命周期工具（setup_control/flow_control/task_control/tdd_checkpoint/release_control），删除旧 run-* flow_control
• 删除内置 context 注入（assets/context/ + skills.ts contextDir 参数）
• 删除 docs/dev/out-of-scope.md、docs/dev/handoff/、util/paths.ts handoff/outOfScope
• 清理 flowrun 测试（kernel/tdd 副本保留）+ 工具注册集成测试
• 文档同步：architecture/configuration/usage/README/contributing 更新为薄内核架构 + 7 命令 + 8 skills
• 全量 623 测试通过

Closes #114